> когда надо иметь несколько веток того же пхп 5.3 и отдельно несколько веток пхп 5.4 начинаются проблемы.
Берите Дженту: там совершенно спокойно из портажей ставится нужная версия любого софта, и часто ебилды уже поддерживают возможность установки php 5.3, 5.4 и 5.5 одновременно, со своевременными секьюрити апдейтами.
Более того, немного разобравшись с ебилдами, можно иметь в системе разное ПО под каждый проект, скомпилированное уже с нужными опциями.
