p2p реализует связь "многие-ко-многим" между типами записей. ACF такого не умеет, а иногда это надо. А таксономии wp хороши, пока не нужна мета-информация для связей или пока не обвешаешь их таким количеством мета-полей что они уже становятся самыми обычными типами записей.
Напишите плагин (используя actions и filters изменяйте нужную вам логику работы WP). Если вам нужно сохранить возможность обновлять вашу тему, используйте механизм "дочерних" тем. Править ядро уж точно не вариант...
Можно уточнить про "не пользуйте одну базу с прессом, чревато". Какие проблемы у вас возникли в этом плане. Мне предстоит устанавливать bbPress на один из проектов, хочу не наступить на те же грабли, если они будут :)
