Проверьте пути файлов где вы ставите брэйки и пути файлов, которые загружает нетбинс при отладке. Я, например, создавал проект используя диск C:\, а отладчик брал одноименные файлы с диска Y:\ (по умолчанию на денвере это Z:\). Удалил проект, созданный на C:\ и создал заново на виртуальном Y:\ - заработало.