А в чем суть то, типо тема сбрасывается?
У меня нет такой проблемы. Но выявил другое:
Строки возвращаются на свои места, будто он закешировал настройки.
Sublime по умолчанию исключает папку .git.
Зайдите в preferences => settings user и добавьте строчку - "folder_exclude_patterns": [],
Можете зайти в settings default и найти там этот параметр, посмотреть что там указанно.
