Андрей Б.

А в чем суть то, типо тема сбрасывается?
У меня нет такой проблемы. Но выявил другое:

Строки возвращаются на свои места, будто он закешировал настройки.

Попробуй так

"filename_filter": "^(?<!_)[a-z-]*\.(sass|less|scss)$"

Sublime по умолчанию исключает папку .git.
Зайдите в preferences => settings user и добавьте строчку - "folder_exclude_patterns": [],
Можете зайти в settings default и найти там этот параметр, посмотреть что там указанно.

Поменяйте тему и будет вам счастье
https://scotch.io/bar-talk/the-best-sublime-text-3...
https://packagecontrol.io/browse/labels/theme

С отсутствием внятного выделения парных тегов и скобочек я уже смирился (не велика беда),

Все настраивается.
Гляньте тут и тут

но отсутствие выделение участка кода между парными тегами...

Cтавите каретку на нужный тег, содержимое которого нужно выделить.
Жмете ctrl+shif+a

В смысле видеть изменения без сохранения файла?
Нет, такого нет.

Есть Livereload (обновление после сохранения файла) но нормально он работает только с ST2, с ST3 в хроме не работает.

Как в примере не встречал, но знаю есть такой https://packagecontrol.io/packages/SublimeLinter.
выглядит так