Попробовал ваши способы, скачал пакеты из репозитория с помощью apt-get download, затем извлек с помощью dpkg-deb --extract. Также запустил mc и походил по deb-пакету — листинги файлов в mc в пакете аналогичны таковым после извлечения через dpkg-deb --extract. Вот что получилось:
andyceo@home:/tmp/experiments$ tree
.
├── nginx
│ └── usr
│ └── share
│ └── doc
│ └── nginx
│ ├── changelog.Debian.gz
│ ├── CHANGES.gz -> changelog.gz
│ ├── copyright
│ └── README.Debian
├── nginx_1.1.19-1_all.deb
├── nginx-full
│ └── usr
│ ├── sbin
│ │ └── nginx
│ └── share
│ └── doc
│ └── nginx-full
│ ├── changelog.Debian.gz
│ ├── CHANGES.gz -> changelog.gz
│ └── copyright
└── nginx-full_1.1.19-1_amd64.deb
Конфигов как не было, так и нет :( Может они как-то генерятся на этапе установки?