Не совсем так сработало. Я не верно вначале описал. Нужно скопировать не просто содержимое папки res, но и саму папку res. Т.е. конечный путь должен быть \nightmode\res\подкаталог\файлы , а сейчас получилось только \nightmode\подкаталог\файлы без папки res.
Выкрутился через костыль. Дописал после папки nightmode папку res1, а потом массово переименовал через тоталкомандер все res1 в res.
@ECHO OFF
::
for /r "d:\каталог\для\обработки" %%I in (res) do if exist "%%I\" xcopy "%%I" "%%I\..\nightmode\res1\" /s