никакой разницы в результате, дело только в GUI: например людям которые пришли с винды будет удобнее использовать граф. интерфейс.
Добавлю только через ubuntu центр можно приобретать приложения, еще чтобы обновить список приложений нужно запускать команду apt-get update, в граф. инт. сразу ясно что за версия.