В ваших исходных файлах есть следующая функция, генерирующая тэги link :
<script>
function loadCSS(hf) {
var ms=document.createElement("link");ms.rel="stylesheet";
ms.href=hf;document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(ms);
}
loadCSS("header.min.css"); //Header Styles (compress & paste to header after release)
loadCSS("main.min.css"); //User Styles + Media Queries
</script>
Исходя из нее аттрибут href ссылается на файлы лежащие напрямую в директории app/
Однако, gulp помещает ваши файлы в app/css, что видно из таска Styles :
.pipe(gulp.dest('app/css'))
Решение : изменить аргументы функции на корректные
loadCSS("css/header.min.css");
loadCSS("css/main.min.css");
либо поменять пути в таске :
.pipe(gulp.dest('app/'))