alsagan

CMailBox::Delete($mailBoxID);
или вот такой еще вариант.
<?php
use Bitrix\Main\Loader;
use Bitrix\Mail\MailMessageTable;
use CMailMessage;

class DataCleaningHelper
{
/**
* Удаляет письма. Шаг выбора веса письма 1 Кб.
* @param float $Kb
* return string
*/
public static function delLargeEmails($Kb = 1)
{
Loader::includeModule('mail');
$size = $Kb * 1000;
$orm = [

'select' => ['ID'],
'filter' => ['>MESSAGE_SIZE' => $size]
];
$i = 0;
$res = MailMessageTable::GetList($orm);
while ($email = $res->Fetch()) {

CMailMessage::Delete($email['ID']);
$i++;
}

return 'Удалено писем: '.$i;
}

}