Вообще для этого и придумали системы контроля версий :)
Например у вас имеется несколько проектов. Каждый в своей директории с понятным вам названием - скажем example.com, habrahabr.ru и т.п. В каждый проект инициализируете например git-репозиторий, и в процессе разработки делаете коммиты (да, в локальный репозиторий).
Вот собственно и все, больше ничего выдумывать не нужно.
