Windows не загружается из-за установленной по умолчанию схемы управления питанием "Сбалансированная". Необходимо перед клонированием поставить схему "Высокая производительность", или если заранее не сделали, в безопасном режиме в реестре поправить
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Power\User\PowerSchemes]
"ActivePowerScheme"="8c5e7fda-e8bf-4a96-9a85-a6e23a8c635c"