Это можно сделать простым скриптом, который при прокрутке на определенное количество пикселей добавляет шапке класс, а при возврате убирает. А уже стили можете расписать какие душе угодно)
jQuery(window).scroll(function() {
var the_top = jQuery(document).scrollTop();
if (the_top > 100) {
jQuery('header').addClass('your-class');
}
else {
jQuery('header').removeClass('your-class');
}
});
PS "the_top > 100" количество пикселей от верхней границы окна.