при создании своего iframe вам необходимо определить что window является главным а не дополнительным iframe. на странице с iframe's можно определить является ли он iframe следующим кодом
if (window && window.top === window) {
// основная страница окна
} else {
// iframe
сработает ли это в расширениях, проверяйте. окончательное решение будет близко к этому.