Исходник — это PDF файл, и я бы был бы рад еслиб был другой формат, но есть только PDF файлы. Поэтому в этом случае надо конвертировать их в HTML (есть ли у вас на примете хороший конвектор, пусть и для десктопа?), а потом обратно в PDF (и в этом случае уже нужно что-то, что может работать на сервере).
