Всё проще, чем вы думаете.
Лимиты зашиваются банком-экваером в терминал. Если банк, обслуживающий терминал, захочет, то он вообще транзакцию хоть на 1 рубль может требовать подтверждать пином, а может наоборот, разрешить любые транзакции с ApplePay без пина на любую сумму. Это не настройка карты (такая у карты есть, но она не в приоритете), не настройка Apple Pay, это настройка исключительно терминала
Да и при оплате через ApplePay номер карты подменяется, и ничего с вашими данными случиться не может
Поэтому расслабьтесь, все ок