ОС на которой установлен MySql как я понимаю Windows?
1. Командой netstat -na | find "3306" проверяете, что mysql действительно слушает порт 3306.
если порт не прослушивается или прослушивается не на тех адресах - копать конфигурацию на предмет параметров skip-networking, bind-address и т.п.
2. Командой telnet localhost 3306 с локальной машины проверяете что удается присоединиться к нему с локальной машины.
3. Командой telnet 3306 с удаленной машины проверяете, что удается подключиться к нему с удаленной машины - если не получается -смотреть настройки фаерволов.
4. Если в п. 3 подключиться удалось - смотрите настройки пользователя - вероятно ошиблись где-то когда разрешали подключаться руту с любого хоста.
