Может быть на Windows ваше приложение упирается в скорость работы жесткого диска (в мониторе ресурсов можно посмотреть)? Если да, то нужно заставить систему кэшировать нужные данные в память: изменить настройки sqlite, перенести какие-то файлы на ram диск или еще как-то.
