alexfrolov_xcx

Я бы лучше это сделал до вывода этих элементов в страницу.

var items = [].slice.call(document.getElementsByClassName('item'));
var wrap_size = 4;
var t_arr = [];

for (var i = 0, j = items.length; i < j; i+= wrap_size) {
    t_arr.push(items.slice(i, i + wrap_size));
}

document.getElementById('test').innerHTML = '';

for (i = 0; i < t_arr.length; i++) {
    var div = document.createElement('div');
    
    document.getElementById('test').appendChild(div);
    
    for(j = 0; j < t_arr[i].length; j++) {
    	div.appendChild(t_arr[i][j]);
    }
}

Здесь я почистил весь div, но можно удалить только нужные элементы.