class Set implements \ArrayAccess, \Countable, \IteratorAggregate
Всё дело в том, что этот класс реализует интерфейс
ArrayAccess.
P.S.
В \Slim\Helper\Set никаких магических методов нет имеется.
Еще как имеются -
https://github.com/slimphp/Slim/blob/2.x/Slim/Help...