Алексей Уколов

Для того, чтобы выполнить какой-то код, зависящий от другого асинхронного кода, используются Промисы. Можно в инициализаторе приложения создавать deffered-объекты, передавать их во View, а там резолвить в onRender. Когда все объекты отрезолвятся - запускать ваш код.
Но судя по описанию, у вас что-то не так с архитектурой, обычно таких проблем не должно возникать. Максимум, с чем обычно приходится иметь дело - запускать одни модули после старта других.

Before Marionette 2.1, the Controller had another use, which was a general-purpose, white-label object. This was confusing given its other use within the Router, and its name, which carries so much meaning in the context of MVC frameworks.
As of v2.1, a new Class is available for your use: Marionette.Object. We recommend using Marionette.Object instead of Marionette.Controller in all situations outside of the Router.

marionettejs.com/docs/v2.4.1/marionette.controller...

Ну а в роутер предлагается передавать объект, как, например, здесь.

onSuccess: function() {
     this.ui.upload.show();
     this.ui.edit.show();
     this.ui.proceed.show();
     this.ui.actions.show();
},
onError: function() {
     this.ui.upload.show();
     this.ui.edit.hide();
     this.ui.proceed.hide();
     this.ui.actions.hide();
}

Больше дня вы на его изучение не потратите, если найдете приличный материал - статью или скринкаст.
Сами решайте стоит оно того или нет (правильный ответ - стоит).