var Counter = function(){
    var i = 0;

    return function(){
        return i++;
    };
};

var counter = Counter();

console.log(counter());
console.log(counter());
console.log(counter());
console.log(counter());

1. Есть $.getScript
2. Если загрузить html с помощью $('el').load('url') то весь JS в коде выполнится
3. Попробуйте использовать require.js, это хорошая практика и решит вашу проблему заодно.

Вообще хорошей практикой считается на production весь JS лепить в один файл, даже если он не работает на каждой странице... это нормально.

Нельзя так делать, вы при каждом клике создаёте новый обработчик. Это очень фигово.
Вынесите обработку нажатий, обработчик нужно один раз вешать.

var $div;

$(document).keydown(function(e){
    if(!$div) return;
    // ... обработка
});

$('body').click(function(e){
    $div = null;
    return false;
});

$('div').click(function(e){
    $div = $(this);
    return false;
});

jsfiddle.net/Ye8bb/4

Google и Bing можно намекнуть, что sitemap поменялся...

:google         => "http://www.google.com/webmasters/tools/ping?sitemap=%s",
:bing           => "http://www.bing.com/webmaster/ping.aspx?siteMap=%s"

У других тоже скорее всего такое есть, гугли "ping sitemap"

Обычным ollydbg можно breakpoint поставить на WinApi функции чтения файлов и все видеть...