Если сильно заморочиться, то можно сделать вот так:
1. Подключаем
runkit.
2. Переопределяем функции инклюда: include(), include_once(), require(), require_once() на свои, который будут обертками для оригинальных.
3. В обертке через
debug_backtrace() узнаем кто вызвал функцию, и собираем вызовы в лог.
