Не знаю на сколько актуально:
chroot_local_user и allow_writeable_chroot - эти параметры не дают ломится в верхние директории, а сидеть в прописанных:
passwd: ftpuser:x:1000:1000::/data/ftp:/sbin/nologin
Мне помогло переключение в "активный режим" в filezilla:
Опции подключаемого хоста 