Да, есть некоторые негативные ассоциации с Unity (честно, даже у меня есть, хотя я у считаю, что движок достаточно хорош и удобен). Дело, конечно же в школьниках, которые в свое время наклипали низкопробных поделок (тех же клонов слендера) и запятнали доброе имя.
Однако, мне кажется влияние для мобильных платформ минимально. Как писал Денис, если игру уже запускает, то сомнительно, что дальше не станет смотреть. Первое впечатление в мобильных магазинах создает страничка игры. То есть, иконка, описание, скрины. Если это заинтересовало пользователя, то все хорошо. Не нужно только лепить скрин с логотипом юнити в описание =)