Столкнулся с такой проблемой.
Нужно было перенести половину файлов из одного MR в другой MR.
Нашел очень простое решение.
1. Объединил все коммиты в ветке branch1
2. Сделал патч из комита в этой ветке.
3. Создал ветку branch2 из master.
4. Применил патч через IDE,(там можно выбрать какие файлы применять, а какие не применять).
5. Создал новый комит и отправил в repo.