Да, на ванильном JS это самое лучшее решение. НО плагин уже написан и там много кода на jQuery есть. Спасибо за ссылку. Но, кажется я решение нашел, просто добавил в зависимости подключений скриптов элемент jquery-migrate
wp_enqueue_script( ''/includes/assets/js/script.min.js', array('jquery', 'jquery-migrate', 'wp-hooks'), 1.9, true);
и теперь если эта библиотека где-то в теме будет отключена то плагин ее снова подключит.
Думаю это пока что самое быстрое решение)