alegzz

нужно или задать в кронтабе переменную PATH или писать полный путь:
/usb/sbin/reboot

which python3.9
вывод - это путь до питона, эту команду и нужно прописать в кроне

лучше все-таки мануал прочитать о том, как устанавливать. файлы с такими расширениями не программы, а архивы, распаковать их можно командой tar xvf <название файла>
а еще лучше найти репозитории этих программ

Копайте в сторону маркировки входящих соединений, восстановления маркировки и маршрутизации по маркировке. Не забудьте сделать маскарадинг на б, чтобы а не отбрасывал невалидные пакеты, и исходящий маскарадинг на а

traceroute 10.10.12.1 проходит?

а почему должно быть не false?
if [[ -n `id $CUSTOM_USER 2>/dev/null` ]]; then

1.

shell_exec('sudo /path/to/script');
cat /path/to/script:
#!/bin/bash
chmod -R 777 /etc/catlib/

2. поставить incron, создавать в пхп файл, прописать на создание файла запуск скрипта

дать команду скачивать файл полностью, а не дифф (--whole-file), не проверять чексуммы, если стоит ключ проверки

а forever stop вы делаете перед перезагрузкой?

dpkg-reconfigure postfix
выбрать Local Only
если до этого не настраивался

Запихать аргументы в переменную?

Chroot

Оба варианта неверны. запускайте скрипт каждые 5 минут и проверяйте время предыдущего запуска.