Переключение по Alt-Shift? Это не только в pycharm такое.
В винде нажатый и отпущенный Alt - это выход в главное меню окна. Приём это для большинства окон работает. А когда ты в главном меню, набор клавиш пытается выбрать подходящий пункт в главном меню. Если такого пункта нет - будет звук ошибки. И это еще хороший варинт, можешь выбрать фиг знает что.
Я не до конца уверен при каких обстоятельствах Alt-Shift триггерит главное меню, но этого было достаточно, чтобы все свои компы перенастроить на Ctrl-Shift. Ну или точнее, использую AutoHotKey чтобы по нажатию CapsLock прожимался Ctrl-Shift, а это комбо уже переключате раскладку.
