PEAR и PECL немного разные вещи. PEAR - это по сути предшественник Composer. Добавляет внешние библиотечки PHP, но на уровне системы, а не одного проекта.
PECL - это компилируемые расширения языка. Можно поставить API для memcache через него, а можно и через пакет в Ubuntu/Debian.
Лично я считаю, что лучше добавлять как пакет, если есть возможность, поскольку aptitude знает о зависимостях между пакетами и при обновлении проблем не должно быть. А если через PECL поставили, то готовьтесь к ручной переустановке.
