(не понятно, почему GIT автоматически не игнорирует эти изменения, файл ведь в исключении находится.)Исключение файлов значит «не добавлять этот файл в репозиторий автоматически». Поскольку ваш файл уже в нём, исключение не актуально.
auto_prepend_file, например.
допустим, дадим разрешение на запись или уберём его
±x).