Любой раздел можно зашифровать.
Разделов может быть несколько.
От вирусов шифрование не спасет.
Шифрование дополнительно нагружает диск операциями чтения/записи, так что срок эксплуатации снизится, скорость чтения/записи в раздел тоже снизятся. На сколько? - Зависит от конфигурации компа, проще проверить чем найти человека с таким же железом.
Для мультизагрузки лучше использовать образы дисков с монтированием при загрузке, смотри grub, clover, или специальный бокс Zalman VE-300 например.
