Конечно приводить к одному виду до импорта.
Главный аргумент за - вы это сделаете один раз, если же вы будете грузить их как есть и группировать в умном фильтре, то это лишняя нагрузка на каждом хите, а умный фильтр и так не быстрая штука. Плюс чрезмерное усложнение, так как по мимо фильтра, будет еще не посредственно фильтрация товаров, а потом и фасетный индекс для ускорения захочется включить.