Предполагаю, что проблема именно в софтварном рендеринге. На другой машине при включении фуллскрина включается accelerated video rendering, у меня же остается software video rendering. Хотя все равно не понятно, почему суфтовый рендерер не может нормально всё отрисовать.
З.Ы. Повторю, что проблема только на youtube. vimeo, vk — видео ок.