Мне немного непонятен твой вопрос. Расскажу по порядку как делаю я. Все впринципе стандартно.
1. Сначала рисую весь шаблон в фотошопе.
2. Далее верстаю в статический html.
3. Ну а дальше конечно же php. Ну и прикручиваю всякие доп настройки для пользователей к нему.
Если у тебя у же есть нарисованный макет, то верстай его в статический html, когда будет верстка полностью готова, то натягивай его уже на движок.
Когда я делал свой первый шаблон, у меня толком не был готов макет в фотошопе, а я уже приступил к верстке, далее до конца не сверстав начал натягивать его на движок. В итоге разработка затянулась на долгое время. В общем не советую так делать. Лучше все по порядку, будет быстрее и качественнее в разы однозначно.