Ну смотри. В первую очередь, надо понимать, что тестирование - это про проверку логики кода.
Все действия в базе производит некий метод или набор методов. Значит нужно проверять логику работы этих методов.
Это можно сделать на разных уровнях пирамиды тестирования, но чем ниже находятся проверки, тем лучше. В данном случае, проверять можно на уровне интеграционных тестов, но возможно и на уровне модульных, в зависимости от того, как реализован код системы
ps. К тестам на миграцию это не имеет никакого отношения