Такое может происходить, если элементы хэдера выстроены на хреновом js-лэйауте (хреновый, потому что в нём судя по реакции нет колбэков на window resize).
Есть 2 варика
1) Удалить его на*** и написать лэйаут для элементов на flexbox
2) Написать колбэки, но аглоритм перестроения нужно дополнить самому, flex легче
