ограничьте блок через css и будет Вам счастья, если скролл - Вы поставили высоту 40vw то и внешний див должен быть таким же а так идет подключение скрипта без стилей в начале вот и скачет высота скрипт подключился встает на место - правильно я Вас понял? так вот что бы не скакал ограничьте и стелем что бы так же работал без скрипта и в итоге не будет косяков у Вас.. если не правильно понял вопрос поправьте примером и скрином я не умею видеть через пространство даже доктору требуются анализы :)
<div class="mCustomScrollbar content fluid light" data-mcs-theme="inset-2-dark" style="height:86%;width:76%;overflow: hidden;">
тут ограничить его стилем overflow: hidden; вот этот параметр важен отключит прыгание и подстройку... вот это height:86%;width:76%; дает четко понять как его рисуем то есть его размеры и не надо не чего выдумывать ..