Мы разносили роуты + модели для каждой абстракции (users, clients, cards) по отдельным папкам, и у вас соответственно в корне есть папки users, clients, cards, и внутри подпапки routes и models.
а в индексе просто делается несколько app.use для каждого набора роутов.
работать не больно, и можно достаточно хорошо расширять систему.