Если обработчики клика повешаны на сами div'ы, то они останутся в памяти. При удалении старых div'ов и добавлении новых они будут дальше работать.
Если вам нужно удалить все обработчики на элементах внутри некоего <section id="section"></section>, то используйте метод .empty() на этом контейнере. С удалением содержимого контейнера он удалит и обработчики.
Используйте делегирование: $('#section').on('click', 'div', function(e) {}).
Если вам нужно со 100% гарантией удалять обработчики, то лучше это сделать в ручную, если есть такая возможность.
