В общем поразибрался немного, что-то да вышло. Вот
репозиторий. Если кто заинтересован в этой теме, напишите пожалуйста свой, так сказать, code review. Может доработаем это решение вместе. Сейчас там не работают фикстуры для tenant БД, т.к. с 3.0 версии убрали опцию --fixtures, а также там есть проблема с дефолтным подключением, которое почему-то не меняется.
Также добавлю, что использовал версию Symfony 4.2, где поменяли
логику работы с .env файлом.