По сути вам не нужны карты яндекса (да и нельзя там такого), а вам нужен только карто-движок. Куда вы загоните через geojson это уродское подобие России и натыканные точки городов. Вы можете заморочиться с проекциями, чтобы территория так выглядела, либо же нарисовать её так в меркаторе. Выглядеть будет неплохо, а вот координаты городов будут фейковые.
Либо, если это вообще не будет зумиться прилично всё реализовать самому в SVG, раз уж ничего географического тут нет.
