$('script:not css:not')
выдернуть содержимое не скриптов и не стилей и вставить в body. Что касается дублей, ничего умнее, чем массив из src скриптов и стилей(отдельных конечно) и проверки, есть ли элемент скрипта/стиля с таким src. Есть - удаляем из массива. Остается только проверить массивы после проверки и добавить нужные скрпиты