abrasum

Марк Лутц программирование на Python, читается легко, главное прочитать от корки до корки, чтобы сложилось представление о языке, с первого прочтения ничего не поймете, оно и не нужно, просто когда будете сталкиваться с проблемой, будете вспоминать что в книге встречали решение.

IDE: Я много лет использовал Pycharm, но теперь только vscode - это бесплатная IDE от Microsoft. Pycharm задолбал своими багами даже на платной версии, плюс он написан на Java, и все работает как положено ентерпрайзу - медленно и жрет кучу памяти.

Еще как в дополнение к IDE можно использовать Jupyter, в нем очень удобно делать быстрые эксперименты, в основном используется для анализа данных.

Странно, что имея опыт разработки на других языках вы задаёте такой вопрос.
Если вам обязательно нужна книга, то, вот, прочитайте Луца по диагонали.
Структуры приложений разные для разных применений, но в целом структуру пакета определяет setuptools. Это встроенный инструментарий работы с пакетами.
Оптимальные структуры имеет смысл искать на гитхабе по ключевым словам "project template" и "cookiecutter".
"Тиражирование" модулей через https://pypi.org/.
Для тестирования есть несколько встроенных альтернатив и миллион сторонних. Выбирайте любую. Для начала не важно.

Как вы знаете для Java есть много всего типа maven, а для python есть что-то подобное? Или, так как язык не компилируемый, для него такого не нужно?

Все ваши потребности на первых порах слихвой покроют setuptools, pip, и github пайплайны.
На вашем уровне, наверно, рано лезть глубже. Придёт со временем.

Из IDE: Pycharm (вполне достаточно бесплатной Community Edition) и Visual Studio Code.

Сборщик для python-программ, очевидно, не нужен. Управление зависимостями делается с помощью pip.
Оптимальная структура зависит от конкретной области применения. Для django-проекта одна, для gui-приложения другая. Как и в Java.
Про создание и тиражирование модулей всё есть в документации.
Для модульного тестирования, как и в Java, есть несколько библиотек. Выбирайте подходящую и читайте её документацию.
Сам язык рекомендую изучать по "Изучаем Python" Марка Лутца (том 1 и том 2)