var itemsCount = 100;

// Исходный массив.
var ArrayTest = new string[itemsCount];

// Количество не нулевых элементов.
var counter = 0;

// Для хранения индексов не нулевых элементов.
var ArrayTestIndex = new int[itemsCount];

for (byte i = 0; i < ArrayTest.Length; ++i)
{
    if (i == 4 || i == 56)  // Очень сложное условие.
    {
        ArrayTest[i] = $"Это не нулевой объект #{i}";

        // Считаем количество не нулевых элементов.
        counter++;

        // Сохраняем индекс текущего элемента.
        ArrayTestIndex[counter - 1] = i;
    }
    else
    {
        ArrayTest[i] = null; 
    }
}

// Отрезаем пустые элементы в реестре индексов.
Array.Resize(ref ArrayTestIndex, counter);

for (byte i = 0; i < ArrayTestIndex.Length; ++i)
{
    // Индекс не нулевого элемента исходного массива.
    var index = ArrayTestIndex[i];

    // Делаем что хотим.
    Console.WriteLine(ArrayTest[index]);
}