tartarelin, включили отображение скрытых файлов? С точкой файлы обычно скрыты. И кстати при переносе файлы с точкой часто не переносятся. Думаю нужно посмотреть старый конфиг, где был файл. Потом взять его отдельно со старого сервера и перенести конкретно его. У меня так обычно с htpasswd происходит
Если у вас есть бот на питоне, то скорей всего есть и бд к которой конектится бот. Что мешает на том же сервере поднять простенький сервис с веб интерфейсом на том же flask/джанге и обновлять бд через веб обертку?
Все это возможно.