Задам глупый вопрос, а запускаешь код из папки где лежит input?
Если нет, то указывай полный путь
settings = get_settings(r'/path/to/input')
так же можешь попробовать другую библиотеку
python-dotenv
from dotenv import load_dotenv
import os
load_dotenv('input.env')
bot_token = os.getenv('BOT_TOKEN')
admin_id = os.getenv('ADMIN_ID')
еще есть кажется configparser, но он больше для конфиг файлов
