Вставляете текст с сохранением всего форматирования в InDesign. Всем начертаниям которые хотите сохранить автозаменой присваиваете соответствующий Chracter Style. Сбрасываете настройки Paragraph Style. Вот и получаете то что хотели.

Скрипт под это дело сильно сомнительное занятие. Так как зачастую в каждом документе пользователи не придерживаются одинакового форматирования и каждый делает что ему хочется.