vanoc

ls -la смотрел? Файлы просто так не исчезают. Раз ты видишь, что место занято, значит файл большой. Как вариант, попробуй посмотреть через ncdu где он лежит.

Можно и без MySQL настроить

Не обязательно писать несколько apt-get install, достаточно одного, хотя если вам так удобнее....