Рональд Макдональд

Возможно, вирус прописывается в загрузочном секторе (если он есть) или скрытом разделе. Зачем вообще заморачиваться? Форматируйте флешку полностью и лежите заражённый комп.

Так нужно ли принимать всерьёз эти угрозы?

Нет, не нужно.
Пара ложных срабатываний - нормально.

Firewall.
Смотрите, что борись антивирус, какую сетевую активность.