у нас так сделано, только не поддомен, а просто разные домены (отличаются региональными префиксами), стоят переадресации разные (т.е. точно можно определить, что компания одна), администрирую с одного IP адреса — уже больше года полет нормальный, проблем нет.
И все google apps бесплатные.
Делали ради экономии, основной домен еще на 50 пользователей, но уже не хватало.
